Чтобы заменить встроенный терминал в PHPStorm на терминал git нужно в меню Settings -> Tools -> Terminal изменить параметр Shell path на exe-файл с полным путем (зависит от того куда установлен Git) …Git\bin\bash.exe.
Чтобы отображался нормально русский язык в переменные окружения системы прописываем LANG=ru_RU.utf8